Действие перенесет нас в эпоху, когда передовые технологии стали частью повседневной жизни и нашли своё применение даже в карточных схватках. Главный герой, Юма Цукумо, мечтает стать чемпионом турнира «Дуэль Монстров», но на старте он ещё только новичок, которому не хватает продуманной тактики и стратегического взгляда на бой. Во время дуэли с местным чемпионом Рёге Камисиро случается неожиданное: рядом с Юмой появляется загадочный призрак без памяти — Астрал. Он объясняет, что его воспоминания рассыпаны на девяносто девять особых карт, которые называются «Номеры». Теперь задачей Юмы становится не только стремление к высоким достижениям в мире дуэлей, но и помощь таинственному призраку вернуть утраченное прошлое, распутывая тайну Номеров и самого появления Астрала.
