Долгая и изматывающая война между людьми и разумными машинами, именуемыми механоидaми, наконец-то подошла к завершению. Во вселенной развернулась победная для машин активная экспансия, и Земля едва не оказалась под их контролем; обе стороны, не слишком желая сдаваться, заключили перемирие. Зеро, бывший адмирал флота в Великой Галактической войне, сейчас командует буксирным судном, и даже потеряв на войне всю семью, продолжает стойко защищать Землю. Во время одного задания на борту буксира он сталкивается с атакой таинственного пиратского корабля, прозванного «Тенью смерти», вступает в бой и терпит поражение. Позже командование возлагает на него новую миссию: найти и задержать вселенски устрашающего пирата, капитана Харлока, и как позже выясняется, именно он и был тем, кто напал ранее. Теперь под знаменем Независимого Флота, вместе со своим бывшим боевым линкором «Кария» и командой, состоящей из механоидов и людей, Зеро вынужден прочесать всю Вселенную в поисках следа легендарного капитана-пирата.
