Действие аниме разворачивается спустя два месяца после инцидента на подводной лодке «Tuatha De Danann», завершившего первый сезон. Мифрил выходит на след загадочной организации, обладающей технологией, позволяющей взламывать ECS — систему электронных замков. Эта группировка носит название Амальгама и помимо прочего обладает таинственной «темной технологией», полученной от загадочного Виспера, как и та же ветвь секретных служб, и не намерена останавливаться на достигнутом. Когда миссия Сосукэ Сагары по защите Тидори оказывается отменена Мифрилом, перед Амальгамой открываются новые возможности: все необходимые элементы плана выстраиваются в цель. Организация готова применить полученные знания и скрытые разработки, чтобы продвинуть свой замысел, рискуя вызвать непредсказуемые последствия для города и для самой миссии Мифрила. Героям предстоит столкнуться с растущей угрозой, где цена победы — это баланс между безопасностью и разрушительными возможностями технологического превосходства, лежащего в руках Амальгамы.
