События разворачиваются в 2027 году, спустя год после завершения войны без применения ядерного оружия. Город Нью-Порт-Сити пытается оправиться от последствий конфликта, но его вновь потрясают нападения — автономно действующие мины обрушиваются на населённый центр. В разворотах расследования выясняется, что военный чиновник, замешанный в коррупционных схемах и торговле оружием, был застрелен. По мере раскрутки дела начальник отдела общественной безопасности Дайсукэ Арамаки сталкивается с Мотоко Кусанаги, только что назначенной в 501-й секретный отряд. Батоу подозревает, что Кусанаги может быть причастна к недавним событиям, ведь она осталась невредимой во время бомбардировки. Параллельно детектив префектуры Ниихама, Тогуса, расследует два убийства. В то же время Мотоко оказывается под постоянным надзором главы 501-го секретного отдела Куруцу и его кибернетических агентов.
