Последняя фантазия: Духи внутри

События разворачиваются в ближайшем будущем, где наука сталкивается с необъяснимым и сверхъестественным. После падения на Землю метеоритного тела начинают происходить странные смерти, и вскоре выясняется, что их причиной являются не обычные болезни, а некие призрачно-душевные существа, названные «Фантомами», чья родная планета была разрушена и чьё осколочное присутствие теперь тревожит Землю. Контакт с фантомами смертелен: любое касание приводит к мгновенной гибели. Однако на планете ещё остаются города и поселения, окружённые энергетическими барьерами, которые позволяют людям противостоять фантомам и поддерживать жизнь. Судьба мира держится на небольшой группе смельчаков — учёной Аки Росс, докторе Сиде и капитане техноспасной части Эдвардсе. В ходе сюжета разворачивается напряжённое соперничество между учёными и военными по поводу того, как именно ликвидировать фантомов и победить в войне.