После перевода Макото Юки в частную академию Геккокан на него обрушивается загадочное существо — Тень, чья атаковость и неизведанность становятся для подростка настоящим испытанием. Это столкновение пробуждает в нем необычную способность вызывать Персону — силу духа, которая может менять ход боя и судьбы. Увидев огромный потенциал юноши, участники секретного школьного кружка SEES, державшего оборону против этих загадочных созданий, приглашают Макото присоединиться к их команде. Сначала он держится на дистанции, скептично относится к предложению и старается избегать тесного контакта; однако со временем возникает прочная связь с новыми товарищами, и он начинает доверять им. Наступило лето. Битва не завершена, но расследование продвигается — друзья находят путь, чтобы навсегда положить конец Темному часу. Однако Макото осознаёт, что может потерять единственное место, где его связь с друзьями держится крепко — место, которое держит его среди людей, к которым он привык доверяться.
