В центре сюжета Макросс Зеро, вышедшего в 2002 году, лежит история пилота истребителя, оказывающегося в эпицентре войны за объединение человечества после того, как на Землю упал загадочный инопланетный корабль. Син Кудо — один из пилотов недавно сформированного отряда «Череп», вооружённого новейшими машинами VF-0. Его истребитель терпит крушение на тропическом острове, где люди живут в тесной гармонии с природой и поддерживают уникальные отношения с окружающим миром. В то же время над этими землями разворачиваются крупные схватки, исход которых должен определить судьбу всей войны. Уцелевшие жители и солдаты сталкиваются с непредсказуемыми опасностями и тайнами, скрытыми в сочетании передовых технологий и древних традиций. Син Кудо вынужден не только водить могучий боевой аппарат, но и переосмысливать роль человека и машины в войне, одновременно ищя путь к миру, который ещё не наступил.
