Лиричная волшебница Наноха

История повествует о Нанохе Такамачи, девятилетней ученице младшей школы, которая живет вместе с родителями и старшими братом и сестрой. Её повседневная жизнь внезапно меняется, когда она спасает раненого говорящего горностая — оказавшегося мага по имени Юно Скрая. Юно — археолог из параллельной вселенной, прибывший на Землю с заданием собрать двадцать одно Драгоценное Семя — древние и опасные артефакты, впервые обнаруженные им в другом мире. Контакт с Драгоценными Семенами дарует живым существам сверхъестественные силы, нередко превращая их в монстров. Раненный одним из таких существ, Юно вынужден опираться на Наноху, которая в это время принимает форму горностая. Он вручает ей Интеллектуальное устройство — волшебную палочку Raising Heart, и Наноха, удивленно для обоих, оказывается обладающей удивительным магическим даром. Так начинается их дуэт: вместе они отправляются на охоту за монстрами и сбор Драгоценных Семенов, не подозревая, что за Семенами охотятся не одни.