Фильм выстраивает повествование вокруг двух временных линий, которые взаимно переплетаются и дополняют друг друга. В первой ветке зритель окунается в тревожный эпизод, случившийся в Нибельхайме, где судьбы Зака Фэра, Клауда Страйфа, Тифы Локхарта и загадочного Сефирота сталкиваются в цепочке событий, формирующей тень их прошлого и порождающей за собой глубокие личные противоречия. Вторая линия разворачивается спустя эти события и переносит внимание на последствия побега Зака и Клауда из лабораторий мегакорпорации Shinra Inc., их борьбу за свободу и попытки сохранить ясность памяти на фоне давления со стороны могущественной организации. По мере продвижения обе ветви сходятся, объясняя мотивы героев, их доверие и цену принятых решений. В итоге перед зрителем открывается целостная картина конфликтов, предательств и смелых поступков, которые составляют основу легенды Final Fantasy VII: The Last Order.