Во втором значимом ответвлении франшизы Yu-Gi-Oh! действие переносится в далёкое будущее: вершины общества обитают в городе Нео-Домино, а обедневшие слои вынуждены жить на отдалённом острове под названием Сателайт. Юсэй Фудо — восемнадцатилетний дуэльный мастер, живущий на Сателайте, мечтает превзойти своего главного соперника Джек Атласа, которого считают «королём игр» и который обитает в Нео-Домино. История фокусируется на пятерых избранных — людях, несущих метку одного из пяти легендарных драконов, служащих древнему божеству Малиновому Дракону. Эти герои оказываются втянутыми в противостояние с тёмной стороной избранных и в сложную политику трёх императоров Илиастера, что добавляет глубины миру дуэлей и вынужденных решений каждого персонажа.
