Прошли годы, возможно целые эпохи, с той тревожной даты, когда таинственная раса Гауна нанесла сокрушительный удар по Солнечной системе и заставила человечество сомкнуть ряды. Эти гигантские твари не только невероятно мощные, но и почти лишённые разума, что делает их угрозу особенно непредсказуемой. Чтобы выжить, побеждённые миры нашли пристанище на звездолётах под названием «Сидония», сумевших сохранить человеческий род и продолжить цивилизацию за пределами разрушенной планеты. В бесконечных скитаниях по межзвёздной пустоте люди не только уходят от погони, но и создают пилотируемые боевые механизмы — последние щиты человечества в этой войне за существование. Главный герой — Нагатэ Таникадзе, чьё детство и юность прошли в полной изоляции внутри огромного корабля. Его необыкновенный талант к управлению боевыми машинами обнаружили и развили, и вскоре он становился пилотом, бок о бок с товарищами, вступающими в жестокую борьбу против Гауна. Теперь они ведут тяжёлую, опасную войну за выживание человечества, не сдаваясь и не упуская надежды на победу.
