В далёком будущем человечество покинуло разрушенную и отравленную Землю, отправившись к звёздам. Однако по неизвестным причинам этот план не вышел как задумано: люди вернулись на поверхность планеты и обнаружили, что большая её часть непригодна для жизни, за исключением территории Японии. Чтобы разместить население, вокруг Японии возводят дополнительные зоны обитания. В попытке найти путь обратно к космосу начинается масштабная реконструкция истории человечества по священной книге, известной как Завет. Но к 1431 году эпохи реконструкции жители зон вокруг Японии восстают, захватывают Японию и разделяют её на множество феодальных владений, принуждая коренной народ покинуть свои земли. Сейчас, в 1648 году э.р., беженцы вынуждены жить в городе-корабле, который бесконечно перемещается над континентом забытой родины, под надзором Союза реконструкции. Появляются слухи о надвигающемся апокалипсисе и войне, и сама реконструкция временно приостанавливается, чтобы выяснить, чем всё закончится после 1648 года. В этой напряжённой паузе Тори Аой [葵・トーリ], руководитель Академии Высшей Федерации и президент студенческого совета, во главе своих товарищей-ровесников предпринимает рискованную миссию — вернуть себе историческую родину и поставить мир на новый курс.
