История разворачивается вокруг школьника Казуки Муто. Однажды ночью он погибает, защищая незнакомку от чудовища, но просыпается в своей постели и думает, что всё было сном. Вскоре он осознаёт, что кошмар вовсе не исчез: гигантское змееподобное существо нападает на него и его сестру. Девушка, которую он спасти — Токико Цумура, объясняет, что монстр на самом деле гомункул. Спасая Токико, Казуки погибает, и она, испытывая вину за произошедшее, возвращает его к жизни, внедрив в его грудь магический медальон — какуганэ, призванный заменить сердце. По словам Токико, какуганэ — алхимическое устройство, активировавшись, принимает форму, зависящую от того, кто им управляет, и тем самым создаёт уникальную Бусо Рэнкин — боевую алхимию. Именно Бусо Рэнкин — единственное средство, способное уничтожить гомункулов. Используя какуганэ, Казуки создаёт собственную Бусо Рэнкин — мощное копьё под названием «Сердце солнечного света». Вместе с Токико, владеющей Бусо Рэнкин под именем «Юбка Валькирии» (смертоносная коса), Казуки вступает в войну против гомункулов и их хозяина.
