Действие разворачивается в начале 2010 года, когда над планетой нависла угроза гигантских гиперураганов. Они одновременно ломают атмосферу и наносят колоссальный урон всем странам. Численность населения Земли, достигающая восьми миллиардов человек, столь же внезапно уменьшается — погибает примерно половина населения. Северная Америка, Россия и север Европы превращаются в ледяные пустоши; равнины уходят под воду, а карта мира кардинально меняется, погружая человечество в эру хаоса. Японское правительство удаётся создать автономное экономическое государство и частично оправиться после катастрофы, а технология Дополнительной Силы становится ключевым фактором восстановления экономики. Но за пределами Особой Экономической Зоны царит нищета. Правящий слой объявляет себя Логосом и использует ТДС в военных целях, в то время как малоимущие, прозванные ревенусами, изгнаны за ее пределы. Чтобы сдержать военную мощь Японии, Европейский союз ЭО и Азиатский союз АО учреждают Единый союз АЭС; их войска сходятся на Кюсю и встречают упорный отпор передовым отрядом Фантом. Впоследствии подписан двусторонний договор о ненападении между АЭС и Японией, и новые силы противодействуют повстанцам внутри страны. Прошли годы, Джо Кацураги и Джин Цурасава уклоняются от фантомов, созданных для надзора за ревенусами и подавления мятежников Логоса. Вместе с ними появляется загадочная девочка Сана Нобуто, чья роль привлекает внимание множества людей — каждый ищет в ней то, чем он руководствуется своими мотивами.
