Сюжет следует за Майей Кумаширо, дочерью бывшего директора Академии Валдштейн, и за путешественником во времени Фумиаки Учиды. В 2012 году Земля оказывается под давлением пришельцев, и несколько агентов времени отправляются обратно в 1999-й год, чтобы найти и уничтожить таинственный артефакт, известный как Ключ Нострадамуса, о котором, по предсказаниям, может прийти апокалипсис в наш мир. Действие разворачивается именно в 1999 году: Майя возвращается в стены Академии и намеревается разрушить её, заняв недавно освободившееся место директора. Но планы меняются, когда она встречает Фумиаки и узнаёт о надвигающейся катастрофе. Несмотря на сомнения в правдивости пророчества, герои заключают соглашение и вместе начинают поиски загадочного Ключа Нострадамуса, отправляясь на опасное путешествие, полное неожиданных поворотов и скрытых тайн.
