Добрая и немного наивная девушка по имени Кобато [花戸 小鳩] прилетает на Землю с целью исполнить заветное желание. Её миссия — лечить раны человеческих сердец, складывая их страдания в волшебную бутылочку, где каждый осколок становится частью чуда. В роли проводника и наставника Кобато выступает Иорёги — могущественное магическое существо в образе синего плюшевого пса, чьё присутствие сопровождает её в новом мире. Однако по прибытию на Землю героиня сталкивается с суровой реальностью: она не имеет ни малейшего представления о людях и о повседневной жизни среди них, всё её знание почерпнуто из манги. Но несмотря на странности, Кобато оказывается прекрасно подготовлена к миссии: сердце у неё доброе и сострадательное, и она искренне стремится помогать людям. Со временем она быстро завоёвывает благодарность и восхищение тех, кому помогает, хотя самой ей не положено проявлять чувства к тем, чьи сердца исцеляются её волшебством.
