За двадцать лет до развязки сюжета на Землю идёт угрожающий астероид Танатос, несущийся к планете и стирающий с орбиты Плутон. Столкновение с Плутоном всё же замедляет его ход, но опасность остаётся. Чтобы предотвратить катастрофу, Международное агентство изучения солнечной системы — МАИСС — запускает секретный проект под кодовым названием «Д» и, найдя в океанских глубинах драконье яйцо, создаёт боевой корабль «Драгонавт». Основная задача судна — уничтожить Танатоса. Однако и пилоты, и учёные вскоре осознают, что угрозы, кроме Танатоса, не ограничиваются космическим телом: на Земле начинают появляться незнакомые существа. В такие мрачные времена юный Дзин Камисина становится свидетелем убийства, совершённого одним из представителей этих существ. Когда он сам на грани гибели, его спасает таинственная девушка по имени Тоа.
