Сюжет разворачивается в близком будущем, когда Британская империя контролирует значительные территории планеты. Япония утратила независимость и стала частью империи, её называли «11-й сектор», а жителей — «одиннадцатыми». Главным героем становится Лелуш Ламперуж — изгнанный из императорской семьи принц, отправленный вместе с сестрой в строгий сектор, где учится в элитной школе для знатных детей. По стечению обстоятельств он случайно оказывается вовлечён в нападение японских повстанцев на столицу Британии. Империя в ответ посылает жестокие каральные отряды, разрывая всё на своём пути. В попытке спастись Лелуш встречает загадочную зелёноволосую женщину, скрывающуюся под именем С.С. Она загоняет его в угол и, оказавшись среди солдат, вручает ему таинственную силу — гиас. Так начинается расплата империи за прошлые ошибки, и Лелуш готов отдать всё ради своего нового могущественного дара, который может изменить баланс сил в мире.
