Спустя два года после той судьбоносной встречи Аой и Каору их путь снова переплетается: Каору поступил в аспирантуру и продолжает жить вместе с Аой. Они оба освободились от давящих семейных уз и теперь ведут обычную повседневность в окружении старых и новых друзей. В их мире появляется более зрелая, порой мрачноватая нота, характерная для сюжета Темнее, чем индиго: Судьба. Пара учится балансировать между учёбой, личными амбициями и искренним доверием, которое крепнет с каждым совместным моментом — тихими вечерами разговоров, прогулками по городу и совместной готовкой. Впереди их ждут новые выборы и загадки, заставляющие их переосмыслить дружбу и любовь, а также понять, как не потерять себя на фоне перемен. Они идут вперёд, поддерживая друг друга, чтобы пройти путь, который кажется темнее, чем цвет индиго, но вместе найдут собственное будущее.
