Действие разворачивается как точное продолжение истории Аркадии моей юности, удерживая характерный стиль и атмосферу оригинала. Война против Империи Иллюмидус, чьи силы уничтожают и порабощают обитаемые миры, приводит к катастрофическому исходу: Земля полностью сдалась чужим захватчикам. Харлок и его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с планеты. Но Иллюмидус не остановился: угроза продолжается, и новые опасности нависают над галактикой. Харлок [キャプテン・ハーロック], Тотиро [大山トチロー] и Эмеральда [エメラルダス], известные под кодами S-00999, S-00998 и X-00001, становятся самыми разыскиваемыми преступниками. Пытаясь противостоять не только Иллюмидусу, но и целой сетью охотников за головами, мечтающих нажиться на награде, они остаются единственными защитниками Земли. Их путь продолжается сквозь пустоты космоса, полные опасностей и надежд, подчеркивая бесконечность их миссии и несломленный дух.
