Жизнь Мирель Буке, одной из самых мастерых и безжалостных убийц в мире, всегда кишит опасностями и испытаниями. Но судьба добавляет ей ещё одну проблему: загадочное письмо, пришедшее по электронной почте, в котором юная японка по имени Юмура Кирика предлагает вместе отправиться в необычное «паломничество в прошлое». Под влиянием зловещей мелодии, вызывающей в памяти давно забытую боль, Кирика и Мирель решают объединиться, чтобы узнать правду об организации, которая с самого рождения держит их жизни под контролем. Единственная подсказка, единственное слово, которое Кирика помнит о себе, становится их кодовым значком, символом Судьбы, воплощённой двумя девушками, несущими смерть — Noir. Вместе героини пытаются распутать сеть лжи, столкнуться лицом к лицу с прошлым и выбрать путь, который позволит понять собственное предназначение.
