Сюжет аниме Вавилон рассказывает о талантливом и непримиримом прокуроре Дзэн Сэйдзаки, который берётся за запутанное дело о незаконной медицинской практике. Он уверен, что в деле замешаны могущественные игроки — крупная фармацевтическая корпорация и городской университет — и начинает раскручивать клубок лжи и манипуляций. В ходе расследования на месте преступления он обнаруживает папку, некогда принадлежавшую анестезиологу по имени Син Инaба, и внутри находят тревожные улики: окровавленные волосы, образцы кожи и загадочную записку, на которой красуется единственная буква — «F». Чем глубже Сэйдзаки копает, тем яснее становится, что перед ним не просто медицинский скандал, а тщательно устроенный заговор, который может повлиять на исход грядущих выборов. Дело разворачивается на фоне политических интриг и этических дилемм, заставляя героя сомневаться в границе между правдой и рисками, между благом пациентов и интересами могущественных структур. С каждым шагом расследование приближает к разгадке — или к ещё более опасной сатире лжи.
