Дневник будущего: Повторный набор

События разворачиваются спустя некоторое время после финала оригинального сериала. По мере развития сюжета мы вновь сталкиваемся с ключевыми носителями дневников, чьи роли остаются значимыми для всей истории. Деус Экс Машина всё ещё не может найти ясного решения по выбору нового бога, и времени на раздумье остаётся всё меньше. Юно Гасай, обитатель третьего мира, внезапно начинает видеть воспоминания Юно из первого мира, словно грани реальностей переплетаются в её сознании. Она носит внутри себя чувство утраты чего-то крайне важного, но не может точно определить, что именно она потеряла; эта неизвестная тревожит её всё сильнее. Что произойдет, если память вернётся? Откроется ли путь к началу новой игры, к началу конца или же к неожиданному, всё же счастливому финалу?