Этот фильм — третий этап развилки франшизы под названием Вознесение и логическое продолжение сюжета аниме‑фильма Ghost in the Shell: Arise — Ghost Tears. Мотоко Кусанаги и Бато снова выходят на передовую борьбы, пытаясь подавить террористическую сеть, чьим символом становится мифологическое существо Сцилла из античных легенд. Параллельно Тогуса расследует убийство человека, который носил протез, изготовленный корпорацией «Нога Русалки». Связь между этими происшествиями остаётся неясной, и следователи сталкиваются с чередой загадок, касающихся границы между человеком иMachine, и этических вопросов к действиям тех, кто стоит за технологическими проектами. По мере развития сюжета поднимаются темы памяти, власти над технологиями и моральных дилемм, возникающих в условиях современного мегаполиса. Героям приходится работать сообща, чтобы распутать запутанную сеть интриг, прикрытую масками корпораций и радикальных сил, и выяснить, что именно связывает представленные дела и кто за ними стоит.
