Освободившись от обязанностей в 501-м секретном отделе, Мотоко Кусанаги оказывается под новым командованием — Дайсуке Арамаки. Ей приходится выполнять его приказы, пока город сталкивается с загадочным сбоем: некий хакер взломал искусственный интеллект Логикомы. Бато срочно собирает боевую группу, чтобы разобраться в происходящем кризисе. В состав команды он привлекает проверенного бывшего военного разведчика Исикаву и специалиста по взрывчатке Бому, чьи навыки становятся незаменимыми на пути к истине. Кусанаги стремится расширить круг участников расследования и вовлечь в дело снайпера Сайто, а также таинственного агента Падзу. Девятый отдел вновь разворачивает операцию, держась жесткой дисциплины и скрытности, чтобы держать ситуацию под контролем. По мере продвижения расследования герои сталкиваются не только с технологическими угрозами, но и с моральными дилеммами, где границы между человеком и машиной становятся все более размытыми, а прошлое возвращается в виде вопросов, требующих ответов здесь и сейчас.
