Действие разворачивается в начале 2118 года: Аканэ Цунэмори, исполняющая обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает сообщение об инциденте на иностранном судне. Вместе с Ацуси Синдо, руководителем отдела статистики Минздрава и социального обеспечения, они стремительно направляются к месту происшествия, но по неизвестной причине расследование передают Исполнительному отделу бюро, отвечающему за координацию действий за рубежом при Министерстве иностранных дел. На корабле находят мёртвой Доктор Милицию Стронскую, которую Ацуси пригласил на встречу в качестве гостя. За произошедшим стоит таинственная организация «Нарушители мира», которую Исполнительный отдел преследовал давно. Руководство уголовной полиции выясняет, что нападение направлено на исследование Стронской, получившее название «Документ Стронской», и формирует совместную группу с Департаментом поведенческих расследований для продолжения расследования. В команду вступают Шинью Когами, бывший беглец из Бюро общественной безопасности, и Дзёдзи Сайги — последний, кто общался с доктором Стронской. Путь их приводит в Дэдзиму для добычи документа, и Аканэ вместе с Когами сталкиваются с неожиданно масштабным делом, переплетающимся с «Документом Стронской». Скрытая истина, способная повергнуть японское правительство и систему «Сибилла», будет раскрыта впервые. Это не самостоятельная история — она служит связующим звеном между аниме «Психопаспорт: Грешники системы — За пределами царства» и «Психопасс 3».