События разворачиваются в начале 2118 года: главная героиня Ака́не Цунэмори, занимающая должность ведущего инспектора Бюро общественной безопасности, получает сообщение об инциденте на иностранном судне. Вместе с Ацуси Синдо, руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, она спешит к месту происшествия. По неизвестной причине полномочия по расследованию передаются Исполнительному отделу бюро, отвечающему за координацию действий за рубежом под эгидой Министерства иностранных дел. На палубе корабля выясняется, что погиб доктор Милиция Стронская, которого Аканэ пригласила на встречу. За инцидентом стоит загадочная организация «Нарушители мира», которую Исполнительный отдел ведет длительный поиск. Первый отдел уголовного розыска приходит к выводу, что случившееся напрямую связано с исследованиями Стронской, известными как «Документ Стронской», и формирует совместную группу с Департаментом поведенческих расследований. В команду входит Шинью Когами, бывший беглец из Бюро общественной безопасности. При участии Дзёдзи Сайги, последнего человека, общавшегося с доктором Стронской, они отправляются в Дэдзиму, чтобы заполучить документ. Аканэ и Когами сталкиваются с внезапно масштабным делом, затрагивающим «Документ Стронской». Раскрывается скрытая истина, способная потрясти правительство и систему Сибилла, и она впервые выходит на свет. Это не просто история — это связующее звено между сериями «Психопаспорт: Грехи системы — За пределами царства» и «Психо-Пасс 3».
