После кульминации прошлой части аниме Синдзи Икари просыпается через четырнадцать лет, совершенно сбитый с толку и не понимающий, как сложилась новая реальность. Мир вокруг него изменился до неузнаваемости, и вопросы без ответа грохочут в голове: что же произошло на самом деле и чем теперь ему предстоит стать? Постепенно появляется пугающая истина, которая рушит все ранее принятые ориентиры и ставит под сомнение всё, во что он верил. Ему снова приходится вступать в битву с Ангелами, но на этот раз рядом с неожиданными союзниками и теми, кому ранее он мог не доверять. Внутри него нарастает напряжение, а старые дружеские связи подвергаются испытаниям и сомнениям. Судьба снова выталкивает его на передовую войны и заставляет принимать решения, от которых зависит будущее всего человечества. Что же он выберет сейчас — спасти мир или рискнуть им ради новой правды?
