Когда Харуо Сакаки возвращается на Землю после двадцати тысяч лет, он обнаруживает мир, кардинально отличный от того, каким запомнилось человечеству. Природа разрослась до предела, а флора и фауна будто отражают образ Годзиллы; сама планета превратилась в гигантского монстра, которым управляет могущественный Годзилла высотой около трёхсот метров. Люди оказались на грани вымирания, их выживание — единственная цель в этом новом порядке, где господство зверя не подвергается сомнению. Стремление победить чудовище и вернуть Земле былые времена подталкивает Харуо к встрече с потомками коренного народа племени Хутуа. Сёстры-близнецы Маина и Миана направляют его к останкам Меха-Годзиллы, древнего оружия против монстра, которое до сих пор живо и приняло форму самогенерирующегося нанометалла. Теперь Харуо должен найти целый Город Меха-Годзиллы — место, созданное наноматериалом за многие годы, способное разрушить гиганта и вернуть человечеству право на существование на этой планете.
