После поражения последнего Ангела Nerv сталкивается с новым врагом — самим человечеством, управляемым секретной организацией Seele. Тяжёлая депрессия овладевает Синдзи Икари, и перед ним встаёт непростой выбор: принять существование людей во всём их несовершенном многообразии или отказаться от собственной личности, чтобы исчезнуть как индивидуум. Параллельно Гэндо Икари, глава Nerv, намерен запустить проект радикального преобразования человеческой природы, привлекая Рей Аянами и Лилит как ключевые элементы своего долгожданного замысла. Мир висит на ниточке, надвигается решающая схватка, способная разорвать узлы судьбы всего человечества и определить будущую трассу истории. Этот фильм предлагает альтернативное завершение к спорным эпизодам оригинала, разворачивая знакомую историю в иной сценарий и поднимая вопросы самоопределения, власти и цены человечности перед лицом надвигающегося апокалипсиса.
