Действие фильма «Кланнад. Фильм» разворачивается в старшей школе, вознесённой на холм в маленьком японском городе. Главный герой, Томоя Окадзаки, учится в третьем классе и не слишком серьёзно относится к учёбе: часто опаздывает и кажется местным хулиганом в глазах одноклассников, занятых подготовкой к экзаменам. Друзей у него, по большому счёту, немного. Самый близкий товарищ — тоже своебразный проказник Ёхэй Сунохара, который идёт по жизни без особых планов. Всё шло бы по привычному сценарию, если бы он не встретил Нагису Фурукаву — девушку, оказавшуюся в школе совсем одной: её прежние одноклассники давно закончили учёбу. Она не слишком переживает по этому поводу, но Томоя не может оставить её на произвол судьбы и решает прийти на помощь. На пути он сталкивается с ещё несколькими одноклассницами и начинает чаще помогать им. Сначала он не особо заботится о них, но вскоре его сердце открывается для новых связей и ответственности, которые меняют его восприятие жизни.
