Действие аниме разворачивается вокруг лейтенанта Джеймса Веги в 2185 году, после гибели первой «Нормандии» и исчезновения капитана Шепарда. В системах Терминуса человеческие колонии таинственно исчезают, словно растворяясь в пустоте космоса. После разгрома могущественного врага, которого местные называли «Властелином», на горизонте появляются новые угрозы. Когда надвигается опасность на ту колонию, что охраняет Вега, ему приходится встать на защиту своего дома и полагаться лишь на собственные силы и на свою сподвижную команду — так, как он привык делать в одиночку и как это делал когда-то капитан Шепард. Джеймс начинает осознавать цену каждого выбора и понимает, что порой нет добросовестного варианта: есть лишь ошибки, с которыми приходится жить. В ходе битвы за выживание герой сталкивается с моральным испытанием, заставляющим пересмотреть понятия долга, верности и личной ответственности в безмерном космосе.
